Sempat ada beberapa waktu Borobudur terlupakan serta beberapa kali Borobudur semakin terlupakan saat terjadi letusan Gunung Merapi yang mengakibatkannya terkubur abu vulkanik.
Sampai akhirnya ditemukan dan dilakukan pemugaran serta berbagai usaha rekonstruksi candi yang dimulai sejak saat penjajahan Inggris dan juga Belanda.
Pemugaran candi dilakukan dengan memperhatikan banyak hal. Hal-hal yang dilakukan antara lain adalah perbaikan sistem drainase, pengaturan sudut bangunan, pemindahan batu yang membahayakan, penguatan pagar langkan pertama dan pemugaran beberapa relung, gerbang, stupa dan stupa utama.
Pada tahun 1900 Masehi, pemerintah Hindia Belanda mengambil langkah menjaga kelestarian monumen ini.
Sebelum seperti sekarang ini, Candi Borobudur pernah jadi tempat pemberontak melarikan diri, angker, dan meminta berkah.
Pada masa Sunan Pakubuwono I bertakhta di Kartasura, muncul pemberontakan yang dipimpin Ki Mas Dana di daerah Enta-Enta. Sunan memerintahkan Bupati Mataram, Ki Jayawinata, untuk memadamkan pemberontakan itu.
Namun, balatentaranya kewalahan dan mundur ke Kartasura. Jayawinata melaporkan peristiwa itu kepada sunan. Sunan kembali mengutus orang kepercayaannya.
Kali ini Bupati Kartasura, Pangeran Pringgalaya, yang diperintahkan untuk mengurus pemberontakan itu. “Tangkap Ki Mas Dana hidup-hidup!” perintah Sunan. Pertempuran terjadi.