Pelindo 3 mengelola sebanyak 43 pelabuhan yang tersebar di 7 Provinsi yaitu:
1. Jawa Timur
2. Jawa Tengah
3. Kalimantan Selatan
4. Kalimantan Tengah
5. Bali
6. Nusa Tenggara Barat
7. Nusa Tenggara Timur
Pelabuhan Cabang:
1. Pelabuhan Tanjung Perak (Surabaya, Jawa Timur)
2. Terminal Pelabuhan Teluk Lamong (Surabaya, Jawa Timur)
3. Pelabuhan Trisakti (Banjarmasin, Kalimantan Selatan)
4. Pelabuhan Tanjung Emas (Semarang, Jawa Tengah)
5. Terminal Petikemas Semarang [TPKS] (Semarang, Jawa Tengah)