Karena kehabisan uang, Musa dan rombongan terpaksa meminjam uang dan menjual kembali sebagian besar barang yang telah mereka beli selama di Kairo sebelum haji, dan Musa berhutang kepada beberapa pedagang, seperti Siraj al-Din.
Namun, Al-Nasir Muhammad mengembalikan kemurahan hati Musa dengan hadiahnya sendiri.
Dalam perjalanan pulangnya, Musa bertemu dengan penyair Andalusia Abu Ishaq al-Sahili yang kefasihannya dan pengetahuannya tentang yurisprudensi membuatnya terkesan, dan yang dia yakinkan untuk bepergian bersamanya ke Mali. Sarjana lain yang dibawa Musa ke Mali termasuk ahli hukum Maliki .
Menurut Tarikh al-Sudan, kota Gao dan Timbuktu tunduk pada pemerintahan Musa saat dia melakukan perjalanan sekembalinya ke Mali. Menurut salah satu akun yang diberikan oleh Ibnu Khaldun, Jenderal Musa Saghmanja menaklukkan Gao. Akun lain mengklaim bahwa Gao telah ditaklukkan pada masa pemerintahan Mansa Sakura .
BACA JUGA:Bukan Habiskan Uang, Internet bisa Mendatangkan Cuan
Kedua catatan ini mungkin benar, karena kendali Mali atas Gao mungkin lemah, membutuhkan mansa yang kuat untuk menegaskan kembali otoritas mereka secara berkala.
Musa memulai program pembangunan besar-besaran, mendirikan masjid dan madrasah di Timbuktu dan Gao. Terutama, pusat pembelajaran kuno Madrasah Sankore (atau Universitas Sankore) dibangun pada masa pemerintahannya.
Di Niani, Musa membangun Hall of Audience, sebuah bangunan yang dihubungkan melalui pintu interior ke istana kerajaan. Itu adalah "Monumen yang mengagumkan", di atasnya ada kubah dan dihiasi dengan warna-warna arabesque yang mencolok.