Ketika terjadi Perang Jamal dan Perang Shifin, ia berada di pihak Ali bin Abi Thalib, bahkan ia menjadi pendukung. Sementara itu, kedua anaknya, Abdullah dan Abdurrahman tewas terbunuh bersama-sama dengan Al-Mukhtar.
Hujr adalah satu dari sekian sahabat Rasulullah yang tewas secara tragis. Ia dibunuh oleh seorang laki-laki dari suku Himyar atas perintah Mu'awiyyah karena tuduhan melakukan kerusuhan dan mengkritik kebijakan-kebijakan pada masa Utsman. Muhammad bin Sirin menga- takan bahwa ketika Hujr telah dihadapkan kepada Mu'awiyyah, Hujr berkata, "Assalamu’alaika ya Amir Al-Mu'minin, atau saya yang Amir Al-Mu'minin?" Tapi, Mu'awiyyah langsung menyuruh anak buahnya untim memenggal kepala Hujr.
BACA JUGA:Karomah Sunan Gunung Jati Mampu Hidupkan Kembali Ayam yang sedang Dipanggang
Kemudian ia berkata, "Beri aku waktu agar bisa shalat dua rakaat terlebih dahulu!"
Usai mendapat izin, Hujr shalat dua rakaat dengan cepat. Lalu berkata lagi, "Seandainya aku Ibnu Hajar Al-sqalani, Al-Ishäbah fi Tamyiz Ash-Shahäbah, tidak khawatir kalian akan menyangka bahwa aku cemas karena akan mati, sungguh aku akan memanjangkan kedua rakaatku. Demi Allah, seandainya salat yang telah aku kerjakan tidak member manfaat kepadaku, niscaya salat dua rakaat tadi juga tidak akan bermanfaat."
Setelah itu, Hujr berwasiat kepada keluarganya yang menyaksikan eksekusinya, "Jangan lepaskan rantai besi ini, juga jangan kalian bersihkan darahku, karena sesungguhnya aku akan bertemu Mu'awiyyah untuk melaporkan penentanganku padanya."
Tidak lama kemudian, algojo memenggal kepalanya. Peristiwa itu terjadi pada 51 Hijriah."
Di dalam kitab Thabagat Al-Kubra disebutkan bahwa ketika Hujr dibawa bersama teman-temannya ke Bukit Adzra'.