Sedangkan jika kepala desa yang diberhentikan sementara sebagaimana dimaksud dalam Pasal 41 dan Pasal 42 setelah melalui proses peradilan ternyata terbukti tidak bersalah berdasarkan putusan pengadilan yang telah mempunyai kekuatan hukum tetap, paling lama 30 (tiga puluh) hari sejak penetapan putusan pengadilan diterima oleh kepala desa, bupati/wali kota merehabilitasi dan mengaktifkan kembali kepala desa yang bersangkutan sebagai kepala desa sampai dengan akhir masa jabatannya.
Dalam pasal 44, apabila kepala desa yang diberhentikan sementara telah berakhir masa jabatannya, bupati/wali kota harus merehabilitasi nama baik Kepala Desa yang bersangkutan.
Sementara itu, dalam hal kepala desa diberhentikan sementara sebagaimana dimaksud dalam Pasal 41 dan Pasal 42, sekretaris desa melaksanakan tugas dan kewajiban kepala desa sampai dengan adanya putusan pengadilan yang telah mempunyai kekuatan hukum tetap.
Dalam pasal 46, dalam hal sisa masa jabatan Kepala Desa yang diberhentikan tidak lebih dari 1 (satu) tahun, bupati/wali kota mengangkat pegawai negeri sipil dari pemerintah daerah kabupaten/kota sebagai penjabat kepala desa sampai dengan terpilihnya kepala desa.
Sedangkan dalam hal sisa masa jabatan Kepala Desa yang diberhentikan lebih dari 1 (satu) tahun, bupati/walikota mengangkat pegawai negeri sipil dari pemerintah daerah kabupaten/kota sebagai penjabat kepala desa.
Dalam pasal 47 ayat (2), penjabat kepala desa melaksanakan tugas, wewenang, kewajiban, dan hak Kepala Desa sebagaimana dimaksud dalam Pasal 26 sampai dengan ditetapkannya kepala desa.
Ayat (3), kepala desa sebagaimana dimaksud pada ayat (2) dipilih melalui musyawarah desa yang memenuhi persyaratan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 33.
Musyawarah desa dilaksanakan paling lama 6 bulan sejak Kepala Desa diberhentikan. Kepala desa yang dipilih melalui musyawarah kemudian melaksanakan tugas kepala desa sampai habis sisa masa jabatan kepala desa yang diberhentikan.