Atas gerakan itu, pemerintah RI berusaha menyelesaikan persoalan ini dengan cara damai dengan cara membentuk sebuah komite yang dipimpin oleh Natsir (Ketua Masyumi).
Namun, cara itu tidak berhasil sehingga pada 27 Agustus 1949, pemerintah secara resmi melakukan operasi penumpasan gerombolan DI/ TII yang disebut dengan Operasi Baratayudha.
Jawa Tengah
Pemberontakan DI/TII di Jawa tengah dipimpin oleh Amir Fatah dan dan Mahfu'dz Abdurachman (Kyai Somalangu). Amir Fatah adalah seorang komandan laskar Hizbullah di Tulangan, Sidoarjo, dan Mojokerto.
Pada 23 Agustus 1949, Amir Fatah memproklamasikan diri untuk bergabung dengan DI/TII di Desa Pengarasan, Tegal. Ia lalu diangkat sebagai Komandan Pertempuran Jawa Tengah dengan pangkat Mayor Jenderal Tentara Islam Indonesia.
Selain itu, di Kebumen juga muncul pemberontakan DI/TII yang dilancarkan oleh Angkatan Umat Islam (AUI) yang dipimpin oleh Kyai Somalangu.
Kedua gerakan ini bergabung dengan DI/TII Jawa Barat pimpinan Kartosoewirjo. Pemberontakan di Jawa Tengah makin kuat setelah Batalion 624 pada Desember 1951 membelot dan menggabungkan diri dengan DI/TII di daerah Kudus dan Magelang.
Untuk mengatasi pemberontakan-pemberontakan tersebut, Pemerintah RI membentuk pasukan khusus yang disebut dengan Banteng Raiders.