Akhirnya, pemerintah pusat memutuskan memberikan hak otonomi kepada Aceh sebagai provinsi yang disebut Daerah Istimewa Aceh dan diizinkan menerapkan syariat Islam. Pemberontakan DI/TII di Aceh dapat diselesaikan secara musyawarah pada 1962.
Sulawesi Selatan
Pada 1950 hingga 1965, pemberontakan DI/TII terjadi di Sulawesi Selatan, yang dipimpin oleh Kahar Muzakkar, pemimpin Komando Gerilya Sulawesi Selatan (KGSS).
Pemberontakan DI/TII Sulawesi Selatan terjadi akibat adanya perbedaan cara pandang pemerintah dengan Kahar Muzakkar yang berkaitan dengan reorganisasi APRIS/TNI.
Sebagai pemimpin KGSS, Muzakkar menyarankan seluruh anggotanya mendaftar ke dalam Angkatan Perang Republik Indonesia Serikat (APRIS).
Namun, banyak dari mereka yang ditolak menjadi anggota APRIS karena dianggap tidak memenuhi syarat. Kahar Muzakkar yang merasa kecewa dengan keputusan APRIS mulai melancarkan aksi pemberontakan.
Aksi pertama berlangsung sejak 1950-1952, sedangkan pemberontakan kedua terjadi pada 1953-1965. Untuk mengatasi pemberontakan ini, TNI membentuk operasi militer bernama Operasi Bharatayudha.
Butuh sekitar 12 tahun untuk Bharatayudha menyelesaikan pemberontakan DI/TII. Kendati demikian, pemberontakan DI/TII di Sulawesi Selatan berakhir setelah Kahar Muzakkar ditembak mati.